儿科是我院传统优势学科，早在六十年代，在皖北乃至省内就享有一定声誉。在吴元重、王秀华等老一辈医生带领下，经过几代人五十年的不懈努力，在临床、教学、科研、人才培养、专科建设等方面成绩斐然。2002年被省卫生厅确定为重点学科，2003年被市卫生局命名为市重点学科。

    2003儿科在全院率先实行了岗位聘任制，实行目标管理，整合成立儿科综合病区、新生儿病区，扩大儿科专科建设内涵，成立儿童神经专科，开设神经、哮喘专科门诊，聘用一批资深的老医生。现在儿科拥有床位100张，设立新生儿、神经、肾脏、心脏、呼吸、免疫、消化等7个专业组，多项诊疗技术达到国内先进、省内领先水平。医护人员54名，其中在职高级职称9名，位居省内综合性医院首位。      
       新生儿专科设备先进，有一整套的正规治疗方案，极低出生体重儿的培育、肠外静脉营养、DIC的换血治疗、重症监护等技术受到同行的瞩目，其中成功救治三胞胎受到社会各届的广泛关注。肾脏组1990年始率先在省内开展肾脏穿刺技术，对肾脏疾病的诊断和治疗有极高价值，在难治性肾病综合征治疗方面取得满意疗效。   
       小儿神经专科，对脑瘫患儿救治、儿童感觉统合失调训练，临床效果较好，社会反响强烈，其中"儿童感觉统合训练在儿科的临床应用"获省科技进步奖。 另外，儿童哮喘、防治免疫水平测定在市内继续保持良好的技术优势，儿科心血管专业组，与胸心外科合作开展小儿先心的手术治疗取得较好社会效益。