菌痢由志贺氏痢疾杆菌引起。在肠道菌的分类中，称为志贺氏菌属(shigella)。根据其特异的抗原结构、生化反应和抗原组成，1958年国际微生物学会将痢疾杆菌分为A、B、C、D 4群，39个血清型(含亚型)。A群1型又称志贺氏痢疾菌；2型为史密斯氏痢疾杆菌3—10型为副志贺氏痢疾杆菌。B群称福氏志贺氏痢疾杆菌(福氏痢疾杆菌)。C湃称鲍氏志贺氏痢疾杆菌(鲍氏痢疾杆菌)。D群称宋内氏志贺氏痢疾杆菌(宋内氏痢疾杆菌)。近年国外已将4群痢疾菌分成50余血清型；D群又依其产生大肠菌素的能力分16型。