淋病的病原体是淋病双球菌，呈卵圆形或豆形，成对排列，故名淋病双球菌，革兰氏染色阴性（一种常用的染色方法，可用于检查细菌），又称奈瑟氏双球菌。淋球菌由核质、细胞浆、细胞膜和细胞壁等构成。淋球菌侵入细胞的第一步是借助其外膜上的菌毛和蛋白II粘附到阴茎或阴道的粘膜上皮细胞上，然后直接侵入上皮细胞或刺激上皮细胞吞噬而进入的。淋球菌进入上皮细胞后就开始增殖，并使上皮细胞溶解，进入粘膜下间隙，从而突破粘膜屏障，引起粘膜上皮的皮下感染。淋球菌对理化因子的抵抗力较弱，42℃20分钟即可使其全部死亡，因此加热即很容易达到消毒目的。干燥条件也不适合淋球菌生长。淋球菌对各种消毒剂也很敏感。如果淋球菌从粘膜感染部位侵入血液，可在各个组织中引起淋球菌感染，称为播散性淋球菌感染。淋病主要通过性交传染，但是也可以通过污染的衣裤、被褥、寝具、毛巾、浴盆、马桶圈和手等间接传染，幼女常通过间接途径受传染，也有极少数幼女因受性虐待而被感染。新生儿淋菌性结膜炎多在通过母体产道时受传染。妊娠期妇女淋病患者，可引起羊膜腔内感染，包括胎儿感染。但是，淋球菌容易产生耐药菌株，目前临床上发现绝大多数感染者为耐药菌株的感染，即产β—内酰胺酶的耐青霉素淋球菌株（简称PPNG），这给治疗增加了难度，故得病后一定要找有经验的大夫治疗，以免治疗不彻底。
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