把各年每次流脑流行株和非流行株收集起来，分别了解其菌株的单克隆化数据，然后用基因分析的方法寻找各克隆型间的联系，了解各菌群之间的遗传学关系，根据其内在联系可追溯流脑的传染来源。

　　1986年美国就应用上述原理采取多位点酶电泳法对70年代中期以来在挪威及其它欧洲国家收集的460株B、C群流脑菌株，分别提取其菌体酶作水平淀粉凝胶电泳，用不同的底物显色，出现了不同的酶电泳型；然后进行基因距离的计算，画出遗传学图谱，以显示国际间菌株传播的克隆型。研究者从460株中检出192个克隆型，其中22个克隆型密切相关，而分别来自挪威、西班牙、智利、古巴、南非、美国等流行期。结论说明，1981—1982年美国迈阿密流脑的流行是由古巴移民传入的。

　　近年德国报道用此法检测国际上1963年以来23次A群流行及非流行株424株，发现其中7个型是引起国际间传播的流行株。还发现赞比亚1982—1985年间由患者分离出的菌株都属一个克隆型。

　　由此可见采用基因分析法既可研究国际范围内菌群传播流行的关系，也可了解菌群间遗传学关系和追溯首发及传入病例，在流脑流行病学寻找传染源上有重要意义。