引起肺炎的病原体很多，主要有细菌、病毒、真菌、支原体、立克次体、寄生虫等。近年来发现衣原体也可引起肺炎。病原体中最常见的为细菌，主要有需氧革兰氏染色阳性球菌，如肺炎双球菌、葡萄球菌、化脓性链球菌；需氧革兰氏染色阴性杆菌，如大肠杆菌、绿脓杆菌、克雷伯杆菌、流感嗜血杆菌、嗜肺军团杆菌、变形杆菌等，除需氧细菌外，还有厌氧菌。