对于单纯性肾囊肿来说也是如此，其内因是机体组织代谢水平的变化，其外因也包括药物（特别是改变胶原代谢的药物）与感染、情志变化与锻炼水平、劳逸失当与饮食不周等。机体组织代谢水平的变化也在各种外因条件的作用下，或造成小管基底膜力量的减弱而逐步形成憩室，或导致小管上皮细胞代谢失常而脱落并异常增生，或局部缺血以及髓质和乳头间质纤维化等均可引起小管梗阻而使囊肿发生。同理，机体组织代谢水平的变化是客观存在的，不以人的意志为转移的，而此外的其他因素则是人为可变的，这就是并非人人都发生肾囊肿的重要原因。