根据临床表现，本病在早期常与铜绿假单胞菌性(又称绿脓杆菌性角膜溃疡)角膜溃疡相区别，在晚期还易与真菌性角膜溃疡相混淆。可通过细菌培养和真菌培养进一步进行区别，并通过药物敏感试驴选择合适的抗生素。